В соответствии с этим своим воззрением Никон отвергал теорию "Москва — Третий Рим", т.е. учение о "православном Ромейском царстве", согласно которому носителем истинного христианского идеала становилось Московское государство. "Ты говоришь, что римская слава и честь перешла на Москву: откуда ты это взялѣ", — писал Никон в послании ("Возражениях") боярину Стрешневу. Русский царь в концепции "Москва — Третий Рим" представал в качестве единственного хранителя православной христианской церкви. Никон справедливо усмотрел здесь возвышение царской власти над церковной.

Из этих различий между церковью и государством Никон делает вывод о превосходстве церкви над государством. "И сего ради: священство царства преболѣ есть". Он считал, что церковь перестает быть церковью; если подпадает под государственную власть: Идеже церковь под мiрскую власть снидет, несть церковь, но дом человеческий и вертеп разбойников".

Превосходство церкви над государством коренится, в понимании Никона, прежде всего в превосходстве церковных функций над государственными. Государству поручено земное, т.е. низшее, церкви — небесное, т.е. высшее. "Аще бо и честен Вам престол царскiй является от прилежных ему каменiй и обдержаща и злата, должен есть судитися яко царь, но обаче яже на земли получил есть строительствовати и множае сiя власти не имѣть ничтоже. Священства же престол на небеси посажен есть. Кто си глаголетѣ — Сам Небесный Царь: елика бо аще свяжете на земли, будут связаны на небесѣх".

Никон выражает в рассматриваемом сочинении взгляд на священников как на посредников между Богом и людьми, распространенный в западноевропейской теологии. "От земли начало суда прiемлет небо. Понеже Судiя на земли осудит, Владыка бо послѣдует рабу, и яже убе сей осудит, сiя он горѣ утверждает. И между Бога и человѣческаго естества стоит священник, яже отнюду чести сводя к нам, яже от нас мольбы возводя".

Именно поэтому, утверждает далее Никон, цари принимают помазание от руки священника, а не священники от царской руки. Рука священника — большая властительница, чем царская голова. "И самую царскую главу под священниковы руцѣ принося, полагает Бог, наказует нас, яко сей она больши есть властник, меньшее бо от большаго, благословляется".

По мнению Никона, "священство" стоит выше "царства" потому еще, что последнее произошло от первого, и оттого, что "священство" честнее "царства". Данный вывод он обосновывает, помимо прочего, принятым Московскими царями идеологическим постулатом, согласно которому царская власть дается Богом. "Священство не от человѣк, ни человѣком, но от самого Бога, и древнее и нынѣшнее, а не от царей. Но паче от священства царство произыде и нынѣ есть: якоже устав царскаго поставленiя свидетельствует. Священство всюду пречестнѣйше есть царства, якоже выше назнаменах от божественнаго писанiя. И ныне паки речем: царство аще и от Бога дадеся в мip, но во гнъве Божiи".

Никон декларировал также, что церковная власть лучше светской, поскольку небо лучше земли. При этом он подчеркивал, что имеет в виду не только власть местных князей, но и царскую. По его словам: "Якоже капля дождя от великiя тучи, т.е. земля от небеси мѣрится, тако царство меньшится от священства".

По мнению Никона, до тех пор, пока описанное им соотношение церковной и государственной власти поддерживается царями, их царства стоят прочно. Нарушение же этого богоустановленного порядка несет с собой гибель царству.

Это нарушение Никон усматривал в политике царя Алексея Михайловича относительно церкви. Царь, с точки зрения Никона, незаконно принял на себя «святительский чин и власть церковную».  Более того, он посягнул на церковное имущество — "обнищал и ограбил св. церковь". "Все царское величество, — укоряет Никон Алексея Михайловича, — через божественные законы, вышеописанные здѣ, олихоимствова. И не имѣет святая великая церковь  никотораго причастiя в Москве, якоже прежде при прежних царѣх и великих князѣх имѣла. Но есть пуста всякаго перваго своего состоянiя, яко вдова осиротѣвши".