Рассматривая монархию как форму организации власти, Прокопович исследует два ее варианта: ограниченную и абсолютную. В ограниченной монархии государь связан определенными обязательствами, за нарушение которых он может быть лишен власти, что также чревато непредсказуемыми последствиями, могущими повлечь различные бедствия для страны и ее народа. Для России же самой "многополезной" и "благонадежной" формой является абсолютная монархия, которая единственно способна обеспечить русскому народу "беспечалие" и "блаженство". В лице абсолютного монарха Феофан видит "стража и защитника и сильного поборника закона... ограду и обережение»... от внутренних и внешних опасностей", а кроме того, "пристанище и защиту" для каждого человека.

Наследственную монархию архиепископ предпочитает выборной, поскольку она, по его мнению, обладает большей устойчивостью в силу замещения престола специально подготовленным для этой цели лицом и поэтому более защищена от случайностей и неожиданностей. Обосновывая правомерность петровского указа "О престолонаследии" (1723), Прокопович настаивает на предоставлении монарху широких возможностей в выборе себе наследника по собственному усмотрению, а не по жестким правилам семейной преемственности. Монарх вправе, утверждает Феофан, сам подыскать себе "доброго и искусного" преемника на троне. В связи с этим следует напомнить, что смысловая неясность данного указа привела впоследствии к дворцовым переворотам, предел которым был положен Указом Павла I (1797), восстановившим старый порядок передачи престола старшему в роде сыну как первому наследнику.

В произведениях Прокоповича содержится апология абсолютной, ничем не ограниченной верховной власти, регламентирующей все стороны жизни подданных. Монарх дарует своему народу "обряды гражданские, церковные, перемены обычаев" и даже предусматривает для них "употребление платья и домостроение", а также "чины и церемонии в пированиях, свадьбах и погребениях и всем прочем".

В своей деятельности верховный правитель реализует одновременно божественное призвание и требования естественного права, осуществляя долг служения народу. Монарх Прокоповича – это просвещенный государь, который обязан заботиться не только об общем благе, но и о распространении просвещения, искоренении предрассудков, устроении правосудия и осуществлении хорошего управления страной.

Такое понимание верховной власти во многом было новым для русской политической мысли.

По-новому разрешил Феофан Прокопович и проблему взаимоотношений церкви и государства. Реформы Петра I изменили экономический и политический статус церковной организации. Экономическая самостоятельность церкви была подорвана образованием Монастырского приказа (1701), в руках которого сосредоточились все нити управления церковным и монастырским имуществом. Манифест об организации Синода и упразднении патриаршества передал управление церковью практически светскому учреждению.

Теоретическое обоснование этих мероприятий и дано Прокоповичем в Духовном регламенте, в котором утверждалась польза "соборного", а не единоличного (патриаршего) управления всеми звеньями церковной организации. Царь ответствен "за всей Церкви созидание". Церковь, в свою очередь, обязана "спопешествовать всему, что к его царского величества верной службе и пользе во всяких случаях касаться может" и соблюдать во всем интересы государства.

В Духовйом регламенте Феофан дает следующую формулу абсолютной монархии: "Император всероссийский есть монарх самодержавный и неограниченный; повиноваться его власти не токмо за страх, но и за совесть сам Бог повелевает". Отстаивая законность во всех формах государственной жизни, Феофан тем не менее ставит государя над законом, утверждая, что действия царя нельзя ни оспаривать, ни критиковать, ни даже хвалить, ибо "Монархи суть Боги".