И. С. Пересветов также пользовался термином "самодержец" для выражения представления о суверенном верховном властителе всей русской земли.

Самовластие бояр довольно широко подвергалось осуждению в различных политических произведениях эпохи. Пересветов отмечал неправедные пути обогащения вельмож, ведущие к оскудению страны; взаимные свары между ними ("сипели друг на друга яко змеи"), а также творимый ими неправедный суд. Он, как и Максим Грек, считал, что беззаконие, беспрепятственно чинимое вельможами в государстве, опасно не только для подданных, но и для царской власти, ибо царское звание теряет свое "прироженное" значение, а само "царево имя" обесценивается. Этими критическими суждениями Пересветов выражал свое отношение только к отдельным боярам, а не к Боярской думе как органу власти.

Искоренения недостатков он ожидал от сильной центральной власти, при этом наличие Совета мыслитель считал необходимым атрибутом всякой власти, опирающейся на законные основания.

В системе государственных преобразований И. С. Пересветова центральное место занимает военная тема. Он обосновывает необходимость создания общегосударственной казны, призванной заменить наместнический порядок собирания и распределения доходов. И. С. Пересветов предлагает полную ликвидацию наместничества ("никому ни в котором городе наместничества не давать"). Вельмож (бояр) обеспечивать "из казны царские кто чего достоит", а налоги "со всего царства своего из всех городов и волостей и из поместий" собирать в единую царскую казну при помощи особых чиновников (сборщиков), находящихся на царском жалованье. При наличии денег в государстве можно создать единое, постоянное войско, находящееся всегда в боевой готовности – "а войско его царское с коня не сседает... и оружия из рук испущает". Награждать воинов следует по заслугам – "кто что достоит", и если кто "царю верно служит, хотя и от меньшего колена, то он его на величество подымает и имя ему велико дает и жалованье ему много прибавляет... а ведома нету какова они отца дети". Пересветов последовательно проводит принцип оценки личных заслуг, поощрения усердия и талантов в противовес местнической системе иерархического распределения благ и почестей. Отношение к воину со стороны царя и высшей военной администрации предполагается заботливое и уважительное, ибо "царю без войска не мочно быти", поэтому воинов необходимо "любити аки своих детей и быти до них щедру".

И. С. Пересветов предусматривал не только увеличение численности войск, но и новый порядок их формирования. Предлагал он также и ликвидацию всех форм кабальной зависимости, и особенно самой тяжелой из них – холопства, считая это мероприятие необходимым для улучшения качества воинской службы. Холопы – плохие воины, а кроме того, они всегда могут "прельститься другим царем", если он пообещает им свободу. Кроме этих прагматических соображений, Пересветов приводит и более фундаментальные доводы в пользу отмены холопства. Так, он осуждает сам принцип порабощения как несовместимый с христианской моралью. Вечное закабаление противно божественным законам: "Бог один для всех людей, и те, которые других записывают в работу во веки, угождают дьяволу". Порабощение противно и государственным порядкам, ибо порабощенная земля сама по себе беззаконна, "в той земле все зло сотворяется: татьба, разбой, обиды, всему царству оскудение великое".

Анализируя внешнеполитический курс русского государства, Пересветов одну из насущных его задач усматривал во взятии Казани. Эта акция представлялась ему необходимой для подведения итогов территориального объединения государства. Географическое положение Казанского ханства, по мнению Пересветова, столь центрально по отношению ко всей другой российской территории, что следовало бы вообще переориентироваться на богатые волжские земли и перенести столицу в Нижний Новгород, а кроме того, необходимо положить предел набегам казанцев на русские земли, терпящим от них "частые кручины".