Он призывал сочетать "два земные пособия — природу и науку; и два свыше даруемые: катехизисное знание веры христианской и серьезное убеждение в божественности Священного писания". Он считал необходимым сочетать доводы от "естественного разума", от "законов народных", от примеров исторических, от "неложного слова божьего".

Прокопович резко критиковал католическую церковь за обскурантизм, за отрицание и преследование научных открытий, которые потом все равно приходится признавать (Коперник, Галилей). Критика католицизма имела многоаспектный характер — проблема соотношения католичества и православия остро стояла на Украине, где католицизм порой был знаменем антирусских настроений. Осуждая папство за преследование науки, за ложные чудеса, бесчисленные мощи святых, Прокопович критиковал обскурантизм вообще, в том числе мракобесие старого православного духовенства. Наконец, непосредственно политико-правовой характер имели обвинения в "папежском духе", адресованные противникам церковной реформы. Реформа, суть которой сводилась к подчинению православной церкви царю, встречала противодействие духовенства. Местоблюститель патриаршего престола Стефан Яворский, например, не без намека на петровские указы рассуждал: "Закон Господень непорочен, а человеческие бывают порочны".

Прокопович осуждал самую мысль о превосходстве духовной власти над светской или о неподчиненности государству духовенства и монашества: "Жало се змиино, папежский се дух".

В государстве, рассуждал Прокопович, существуют разные "чины", каждый из которых занят полезным для общества делом (ссылка на общественное разделение труда в обоснование сословного деления в эпоху Петра была распространенной); то же и "священство" — оно "иной чин есть в народе, а не иное государство". Составляя часть народа, духовенство подчинено государству так же, как и другие части. Упразднение патриаршества, учреждение Духовной коллегии, а затем Синода Прокопович обосновывал ссылками на преимущества коллегиального управления перед единоличным: "В единой персоне не без страсти бывает", "известнее взыскуется истина соборным правлением, нежели единым лицом". Он ссылался также на примеры исторические — римские и византийские императоры имели и светскую, и духовную власть; конфликты царя и патриарха в России сопровождались широкими волнениями.

Таким же сочетанием богословских и рационалистических идей Прокопович обосновывал неограниченную монархию. С одной стороны, "монархи бози суть", государь "самому токмо богу ответ дает". С другой стороны, неограниченность власти самодержца проистекает из соглашения, по которому народ отказывается от всех своих прав и свободы и, наделяя властью правителя, говорит: "Ты владеешь нами к общей пользе нашей". Следуя Гроцию и Пуфендорфу (не исключено влияние Гоббса), Прокопович писал, что в безвластном состоянии царили хаос, произвол, кровопролитие. Для обеспечения мира, безопасности, общего блага народ "не без смотрения божия" заключает соглашение об отказе от всех прав и свободы, о создании государства. Впервые в истории русской политической мысли Прокопович поставил проблему происхождения государства; то обстоятельство, что эта проблема решалась им со ссылками и на божий промысел, в значительной мере предопределялась необходимостью считаться с официальным обоснованием абсолютизма, содержащим богословские доводы, а также официальным положением самого Прокоповича как одного из церковных иерархов.

Своеобразны взгляды Прокоповича на формы правления, которые, как он утверждал, зависят от народного соглашения, но устанавливаются не произвольно, а в соответствии с размерами государства. Республики, писал Прокопович, могут существовать "раз в малом народе" и на небольшой территории. Именно этим объясняется существование республик в Венеции, Генуе, Швейцарии, Бельгии. Мысль о зависимости форм государства от размеров территории, высказанная Прокоповичем еще в 1716 г., задолго до Татищева (см. ниже) была приспособлена для обоснования абсолютизма в России.