Пуфендорф был одним из видных представителей того направления в естественно-правовой теории, которое главное внимание уделяло отделению науки о праве от религиозной схоластики, доказывая самостоятельное значение первой, что было особенно трудно и важно в Германии того времени. Право должно согласовываться с законами разума независимо от религиозных догм и даже действующего законодательства.

Учение Пуфендорфа складывалось под влиянием теорий Г. Гроция и Т. Гоббса. Существенные различия между этими теориями Пуфендорф пытался примирить, используя общий для них рационализм. Попытка создать светскую правовую теорию, светское в своей основе учение о государстве, отстоять свободу мысли в условиях Германии того времени была прогрессом, умеренным, но все же прогрессом. Однако одновременно с этим Пуфендорф обосновывал необходимость сохранения крепостничества и княжеского абсолютизма.

В своем учении о праве и государстве Пуфендорф исходит из представления о естественном состоянии, которое вслед за Гоббсом трактует не как исторический факт, а как методологическое предположение, позволяющее объяснить сущность и происхождение права и государства. Естественное состояние характеризуется свободой и независимостью индивидов. Человеческая природа противоречива, полагал Пуфендорф. Она не порождает "войну всех против всех" (как считал Гоббс), но достаточно эгоистична. Согласно Пуфендорфу именно последнее (а не естественное стремление к общежитию, как считал Гроций) в условиях, когда не обеспечены естественные права, порождает стремление людей объединиться ради собственной пользы и безопасности. В результате возникают политическое общежитие и государство.

Пуфендорф в основном отвергает теологическую теорию происхождения государства. Государство — продукт сознательной деятельности людей, их решения объединиться. В основе возникновения государства лежат два договора: первый — между людьми об объединении и выборе формы правления, второй — между людьми и избранным ими правителем об обязанности подданных подчиняться власти и обязанности правителя заботиться о подданных в целях их пользы и безопасности. Второй договор предполагает сохранение у людей некоторых естественных прав (свободы вероисповедания, свободы убеждений), но не допускает сопротивления власти. Пуфендорф утверждал, что лучшей формой правления является абсолютная монархия. Правда, у нее есть некоторые недостатки, считал он, и желательно было бы, чтобы при монархе создавался какой-то представительный орган типа еще сохранявшихся в некоторых германских землях ландтагов. Дальше этого весьма скромного пожелания Пуфендорф не идет, будучи убежден, что практически неограниченная власть монарха обеспечивает главное — общественный порядок и безопасность подданных. Естественная свобода утрачена людьми с образованием государства, получившего право наказывать их во имя общего блага.

Обосновывая с помощью идей естественно-правовой теории сложившийся во многих немецких землях княжеский абсолютизм, Пуфендорф оправдывает и упрочившееся в то время крепостничество. Он утверждал, что крепостничество — результат добровольного договора между господами и теми, кто не имел работы и средств существования, и, следовательно, выгодного им.

Большое внимание уделял Пуфендорф вопросам взаимоотношений между государством и церковью. В соответствии с условиями второго договора государство имеет право наказывать за богохульство, атеизм, сношения с демонами и сектантство, если последнее учит противиться властям. Но государство не должно наказывать тех, кто отступает от обрядности и придерживается собственных взглядов в научных вопросах, как бы они ни противоречили религиозному вероучению. Пуфендорф еще не провозглашал свободу совести, что в условиях религиозно расколотой Германии того времени не выглядело насущным. Однако общая рационалистическая направленность его теории готовила почву для этого.