"Глупой и грубой ложью", а также "басней" объявлял Крижанич и теорию происхождения русских царей из рода римского императора Октавиана Августа. По его словам, царю Ивану IV "достаточно было древности [рода] и славы считать себя потомком своего истинного предка Словена, а затем — и короля Владимира, а не искать славы в лживых и всеми народами осмеянных и оплеванных баснях о роде Августа и называть себя потомком монахини Сильвии и распутной богини Афродиты. А если хотел он воспользоваться славой августова рода, то должен принять на себя и [его] позор".

Юрий Крижанич полагал нехорошим и неправильным в политике Ивана IV и то, что он пренебрег титулом "король", который Крижанич рассматривал в качестве славянского, подобающего высшему после Бога правителю, и воспринял "чужое, неподходящее, негодное и несвойственное высшей власти", в представлении мыслителя, римское имя "ЦАРЬ". В данном случае Крижанич не учитывал, что титул "царь" как раз и считался в русской официальной политической идеологии званием высшего после Бога и богоизбранного властителя. Он ценился выше титула "король", который в соответствии с этой идеологией являлся званием правителя по человеческому хотению. Термин "царь" использовался в церковнославянском тексте Священного писания для обозначения титула Иисуса Христа, поэтому на Руси царями звались властители, над которыми никакого другого властителя, кроме Иисуса Христа, не стояло.

"Басней" называл Крижанич и рассказ о призвании на Русь варяжских князей. "В рассказе этом, — отмечал он, — прежде всего наврано, будто новгородцы посылали к варягам просить князя. Ибо не могли новгородцы быть столь глупыми, чтобы так поступить. Ведь если они помышляли о том, как избавиться от междоусобиц и укрепиться против нападений извне, то зачем им было посылать к чужеземцам просить не одного, а трех князей? А если не просили трех, то почему приняли трех? Почему державу свою, дотоле единую, разделили натрое и дали Новгород — Рюрику, Изборск — Трувору, а Белоозеро — Синеусу".

Юрий Крижанич был противником концепции "Москва — Третий Рим". По его словам, "не друг нам тот, кто зовет наше королевство "Третьим Римом". Такой [человек] не желает нам ни удачи в делах, ни добра, а желает гнева Божьего, разорения и всякого зла. Ибо после разрушения этого преславного [Римского] царства его название и римский герб стали злосчастными (то есть проклятыми, окаянными и сулящими неудачу)".

Политическим идеалом Юрия Крижанича было неограниченное самодержавие — "совершенное самовладство", которое он считал самой первой, самой важной и самой главной Божьей милостью, оказанной России. По его словам, "это — жезл Моисеев, которым царь-государь может творить все необходимые чудеса. При таком строе правления легко могут быть исправлены все ошибки, недостатки и извращения и могут быть введены всякие благие законы... Ибо все, что вправе приказать самовладец, исполняется без проволочки".

Наряду с "самовладством" Крижанич выделял и такие способы правления, как "боярское правление" и "обществладство". Однако "самовладство", по его мнению, превосходит своими достоинствами другие способы правления.

При "самовладстве"лучше, по его словам, "соблюдается всеобщая справедливость", легче и лучше "сохраняются покой и согласие в народе", "самовладство", в представлении мыслителя, "лучше оберегает от опасностей".

Воплощением своего политического идеала Крижанич считал правление царя Алексея Михайловича. "Сие правоверное, преславное королевство боголюбивого нашего царя, государя и великого князя Алексея Михайловича, всея Великой, и Малой, и Белой Руси самодержца, потому безмерно уважаемо, удачливо и счастливо, что в нем имеется совершенное самовладство. И следовательно, можно исправить все ошибки и изъяны, которые из-за нерадивости и исполнителей могли доселе войти в обычай и из-за которых печалится народ". Юрий Крижанич многое замечал в России такого, чего не замечали сами русские, однако с реальной практикой осуществления самодержавной власти в России он по-настоящему не сталкивался. Поэтому и думал, что здесь "исполняется без проволочки" все, что вправе приказать самодержец. На самом деле исполнялось далеко не все и не без проволочки. Русский историк В. О. Ключевский писал как о распространенной практике о непослушании "старых московских дьяков, которые, бывало, на 15-м указе непременно послать подьячего по делу стойко помечали: "И по тому его великаго государя указу подьячий не послан".