Уже в первом своем послании Андрею Курбскому Иван Грозный обращается к нему как к "крестопреступнику честнаго и животворящаго креста господня, и губителю хрестиянскому, и ко вра-гомъ християнскимъ слагателю (т.е. к христианским врагам примкнувшему), отступшему божественнаго иконнаго поклонения и поправшесу вся священная повелѣния, и святые храмы разорившему, осквернившему и поправшему священныя сосуды и образы, яко Исавръ, Гноетезный, Арменинъ, и симъ всимъ соединителю...". "Но ради привременныя славы, и самолюбия, и сладости мира сего, — укоряет далее царь боярина-изменника, — свое благочестие душевное со крестиянскою вѣрою и з закономъ попралъ еси...". Таким образом, Иван Грозный стремился представить измену Курбского как отступничество от христианской веры и попрание канонов Священного писания. Царь уподобляет бывшего своего воеводу византийскому императору-иконоборцу Льву Исавру и другим еретикам, замечая при этом, что Курбский их всех в себе соединил. Данная оценка Курбского не может быть признана соответствующей реалиям.

Конкретные факты жизнедеятельности Андрея Курбского в Литве, а также содержание его сочинений свидетельствуют о том, что он не только никогда не предавал христианской православной веры, но и был ее активным защитником.

По мнению Курбского, всякая ересь губительна для государства. Эту мысль он высказывал в послании старцу Вассиану Муромцеву, написанном в начале 60-х гг. XVI в., т.е. до его бегства в Литву. "Возведем мысленное око на восток и посмотрим разумным видением: где Индея и Ефиопия? — вопрошал Курбский. — Где Египет и Ливия и Александрия, страны великия и преславныя, многою верою ко Христу древле усвоенныя? Где Сирия, древле боголюбивая? Где Палестина, земля священная, от нея же Христос по плоти и вси пророцы, апостали?... Где Констянтин град преславныи, он же бысть яко око вселеннеи благочестием? Где новопроси явшия по благоверии Серби и Болгары и их власти высокия и грады преизобильныя? Не вси сия преславныя и преименитыя царства в прежних летах единодушно правую веру держаще, и ныне грех деля многих безбожными властели обладаны, от нихъ же верныя люди беспрестани прелыцаеми, и томими, и на различныя прелести от правоверия отводими... И паки обратим зрительное души к западным странам и посмотрим опасне мыслию: где Рим державный, в немже Петра апостола наместники, древний папа пожиша? Где Италия, от самых апостол благоверием украшена?... Возрим днесь мысленно: где сия вся? Не вси ли в различныя ереси разлияшася?"

Мысль о губительности ереси для государств была распространенной в русском общественном сознании со времен падения Византии. Андрей Курбский в приведенном отрывке воспроизводил своими словами сказанное Максимом Греком в его сочинении "Второе слово на богоборца пса Моамефа". В литературных трудах, написанных уже в Литве, Курбский продолжал развивать данную мысль. Он писал здесь уже о том, что могущество и благополучие государств прямо зависят от распространенности в них знания Священного писания и от процветания философских наук.

Имение Андрея Курбского в Миляновичах (близ Ковеля) превратилось в настоящий центр православной духовной культуры в Литве. Курбский перевез сюда значительную часть своей довольно большой по тем временам библиотеки. Он собрал вокруг себя своих единомышленников, знатоков древних языков и организовал с ними перевод на церковно-славянский язык важнейших богословских произведений. Одновременно через свои послания Курбский развернул критику католицизма и протестанства. Он выступил и против унии католической и православной церквей. Критике этой унии и был посвящен его компилятивный труд "История Флорентийского собора". Одно из его посланий, сохранившееся под названием "Цедула князя Андрея Курбского до князя воеводы Киевского", показывает, что он резко критиковал и такую форму отступничества от истинного христианства, как арианство.